C) LE PIENE E LE RICOSTRUZIONI
Le nuove piene, tra cui le devastanti del 1476 e del 1495, resero necessario, solo un secolo dopo, un nuovo pesante intervento di consolidamento del ponte: Paolo III affidato dapprima a Michelangelo, che condusse i lavori a rilento, e passato dal successivo papa Giulio III nel 1551 a Giovanni Lippi, detto Nanni di Baccio Bigio: si rese necessaria una vera e propria ricostruzione di un pilastro e dei due archi che su di esso poggiavano; per l'occasione fu costruita a metà del ponte una cappelletta dedicata alla Vergine, che sarebbe durata però solo 5 anni, che troviamo raffigurata su almeno quattro piante pubblicate tra il 1555 e il 1569 (fig.3).
Il Lippi, completò rapidamente i lavori nel 1552, ma non li eseguì però con la dovuta cura, anzi, addirittura indebolì la struttura del ponte asportando e vendendo parte del materiale marmoreo:Infatti solo cinque anni dopo la fine dei restauri la piena del settembre 1557 fece crollare il pilone appena ricostruito e i due nuovi archi che su di esso appoggiavano "insieme con quella bella cappelletta di Giulio III che vi era nel mezzo con tanta arte e spesa fabricata", come riportato da un Avviso di Roma stampato in occasione della disastrosa piena.
Dopo un infelice tentativo di ripristinare il collegamento alla riva del troncone del ponte superstite per mezzo di una rudimentale struttura in legno sorretta da funi; effettuato nel 1561 papa Gregorio XIII decise di affrontare lo sforzo economico di definitiva ricostruzione in muratura delle strutture crollate: scartata la proposta di Luca Peto di sostituire i due archi mancanti con un unico arco, eliminando quindi definitivamente il pilone crollato e lasciando più spazio al deflusso delle acque, ed il ponte fu ricostruito tra il 1573 e il 1575 da Matteo Bartolani da Città di Castello nelle forme originali.